Besonders hervorzuheben ist die wohl größte private Sammlung von mehr als 450 Faksimiles mittelalterlicher Handschriften vom 4. bis zum 18. Jahrhundert. Sie stammen aus dem Nachlass des 1998 verstorbenen Kölner Theologen, Altphilologen und Germanisten Prof. Dr. Johannes Rathofer. Ihm war es zu verdanken, dass das Speyerer Evangelienbuch 1995 wenigstens als Faksimile nach Speyer zurückkehrte. Mehr als zehn Jahre intensiver Arbeit hatte Prof. Rathofer dem Codex aureus gewidmet. Diese intensive Beschäftigung und die dadurch entstandenen Kontakte zum Bistum Speyer führten dazu, dass die Faksimilesammlung 1999 für die Bibliothek des Priesterseminars gewonnen werden konnte und dort als „Sammlung Prof. Dr. Johannes Rathofer“ weitergeführt wird. In zahlreichen Ausstellungen auch im Speyerer Dom wurden und werden Teile dieser Sammlung und ihr theologischer Gehalt präsentiert und erschlossen.
Mit vierteljährlich erscheinenden Neuerwerbungslisten informiert die Bibliothek regelmäßig über Neuanschaffungen, ausserdem erstellt sie auch thematische Literaturauswahllisten zu aktuellen Themen.
Die Bibliothek steht grundsätzlich allen Interessierten offen. Die Benutzung ist gebührenfrei.